Amu Hinamori è una ragazza della scuola elementare isolata e molto fredda con i compagni, molti dei quali la definiscono "cool and spicy". In realtà questo non è il vero carattere di Amu, la quale è semplicemente troppo timida per riuscire a dialogare con gli altri senza sfociare in frasi poco gentili a causa dell'imbarazzo. Una sera, sentendosi stufa di questo suo carattere "falso" prega di poter diventare una ragazza più carina e sincera, e la mattina dopo trova nel suo letto tre uova colorate, definite Uova del Cuore. Da queste uova nasceranno poi degli Shugo Chara , ovvero degli esserini magico-antropomorfi, che rappresentano le diverse personalità che Amu vorrebbe avere: i loro nomi sono Ran, Miki e Suu e in seguito anche Dia, rappresentati rispettivamente dal simbolo del cuore, della picca, del fiore e dei quadri. Capaci di cambiare la sua personalità in qualsiasi momento attraverso il Chara-Change, questi esserini portano Amu a trovarsi spesso in situazioni imbarazzanti e ridicole. La protagonista scopre in seguito che anche degli altri ragazzi nella scuola hanno degli Shugo Chara. Si tratta dei quattro Guardian, ovvero delle sorte di tutori a capo del consiglio scolastico, coetanei di Amu, amati e rispettati dai più piccoli: il King's Chair Tadase Hotori, la Queen's Chair Nadeshiko Fujisaki, il Jack's Chair Kukai Souma e l'Ace's Chair Yaya Yuiki. I Guardian spiegano ad Amu che il loro lavoro consiste nel curare le uova del cuore dei bambini in quanto, a causa di un trauma subito da questi ultimi, esse tendono a trasformarsi nelle cosiddette Batsu-tama capaci di distruggere i sogni del loro possessore. Le viene inoltre raccontato che, secondo una leggenda, colui che avesse posseduto tre Shugo Chara avrebbe ereditato il leggendario Humpty Lock, un lucchetto magico che infatti compare proprio al collo della ragazzina. Grazie a questo lucchetto, Amu è in grado di fondersi con i suoi Shugo Chara e trasformarsi, attuando il Chara-Nari, in "Amulet Heart", "Amulet Spade" o "Amulet Clover" a seconda dello Shugo Chara con cui si unisce. Amu scopre anche che le comparse di Batsu-tama sono aumentate a dismisura a causa di un'associazione chiamata Easter (Pasqua) che, per catturare il cosiddetto Embrione (un uovo magico che si dice possa realizzare i desideri), attacca le uova dei bambini. Di questa società fanno parte Yuu Nikaidou, l'insegnante di Amu, Ikuto Tsukiyomi, un misterioso ragazzo con uno Shugo Chara felino che sembra essersi invaghito della protagonista e Hoshina Utau, una Idol del momento molto popolare, la quale, follemente innamorata di Ikuto, vede in Amu la sua più grande rivale. Amu, con l'aiuto dei Guardian, inizia così combattere la Easter per salvare i sogni dei bambini.